Budowę przedsiębiorstwa rozpoczęto w 1969 roku. Celem inwestycji było stworzenie warunków dla realizacji przewozów drogą morską i przeładunków wynikających ze wzrastającego eksportu siarki. Pierwsza nazwa przedsiębiorstwa brzmiała: Przedsiębiorstwo Przemysłowo-Handlowe „Siarkopol” w budowie w Gdańsku. W latach 1970-1973 przedsiębiorstwo było włączone w skład kombinatu „SIARKOPOL” Kombinat Kopalń i Zakładów Przetwórczych Siarki w Tarnobrzegu .
Ukończenie w 1973 roku podstawowych inwestycji w „Siarkopolu” zapewniało przedsiębiorstwu rozładunek 2 mln ton siarki ciekłej rocznie, magazynowanie do 600 tys. ton siarki zestalonej na polach składowych oraz załadunek 10 tys. ton siarki płynnej na dobę.
Od 1985 roku nazwa brzmiała: Przedsiębiorstwo Przeróbki i Spedycji Kopalin Chemicznych „SIARKOPOL” w Gdańsku.
W październiku 1991 roku został ustanowiony akt przekształcenia przedsiębiorstwa państwowego w spółkę akcyjną, zgodnie z którym Skarb Państwa przekształcił Przedsiębiorstwo Przeróbki i Spedycji Kopalin Chemicznych „Siarkopol” w Gdańsku w jednoosobową spółkę akcyjną Skarbu Państwa.
Z dniem 12 sierpnia 2010 roku „Siarkopol” został włączony do Grupy Kapitałowej PERN „Przyjaźń” S.A. Obecnie firma używa nazwy „Siarkopol” Gdańsk Spółka Akcyjna (skrót: „Siarkopol” Gdańsk S.A.).
Na przełomie lat 80-tych i 90-tych przedsiębiorstwo obsługiwało w eksporcie morskim do 2,5 miliona ton siarki rocznie, a zatrudnienie przekraczało 500 osób. Do końca ubiegłego wieku „Siarkopol” był nie tylko terminalem realizującym załadunki siarki, ale także jej producentem w formie granulowanej. Towar dostarczany był do terminalu w formie płynnej cysternami kolejowymi. Część masy towarowej po zmagazynowaniu trafiała w takiej formie na statki celem eksportu, głównie do Europu Zachodniej. Pozostała poddawana była obróbce na instalacjach: granulacji mokrej oraz granulacji suchej. Obok tak powstałej siarki granulowanej, przedsiębiorstwo produkowało także tzw. siarkę kruszoną.
W latach 90-tych Spółka rozszerzyła ofertę magazynowo-przeładunkową o inne produkty. W zmodernizowanych zbiornikach sukcesywnie uruchamiano usługi dla olejów opałowych oraz napędowych, a także dla produktów roślinnych: melasa, olej roślinny, a nawet gacz parafinowy.
W międzyczasie likwidacji uległy instalacje granulacji mokrej oraz suchej, w tym min. wieża granulacyjna będącą niegdyś znakiem rozpoznawczym zakładu oraz lokalnym punktem orientacyjnym.
Z końcem lat 90-tych Spółka uruchomiła usługi przeładunku bezpośredniego dla produktów płynnych, min. dla olejów bazowych oraz biokomponentów FAME. W kolejnych latach realizowane były głównie inwestycje w infrastrukturę modernizujące instalacje przeładunkowe oraz zbiorniki magazynowe, a także inwestycje środowiskowe. W ostatnim okresie „Siarkopol” zaoferował klientom usługi przeładunku i konfekcji, a także powierzchnie magazynowe, dla produktów suchych, jak również także dla drobnicy.